微生物质谱(MALDI TOF)
微生物质谱用于微生物鉴定
近年来,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI TOF MS)已成为常规鉴定细菌和真菌的重要工具。具有快速且成本低的特点,非常适合于高通量应用,例如用于临床实验室中的病原鉴定,食品工业中的质量控制中。
BioNumerics 软件用于微生物质谱数据分析
BioNumerics 软件在导入和处理质谱数据方面提供了很大的灵活性,软件支持导入来自不同质谱品牌(例如布鲁克、岛津、VITEK MS)的数据格式,并且可以将其导入到同一数据库中。BioNumerics 软件提供了一个直观的分析环境和易于使用的操作流程模板,用于导入、Resampling 和预处理峰谱数据,这些处理模板可以轻松适应多种情况并可以存储起来以备将来使用。汇总谱图分析功能允许根据用户的质量标准将来自多个技术重复或生物重复的谱图汇总成单个谱图中,可以用于创建比较和鉴定项目。
使用BIoNumerics 软件构建微生物质谱参考数据库
BioNumerics 软件允许使用用户选择的菌株质谱数据建立自己的数据库,并将这些参考数据集合作为一个鉴定项目,然后,可以基于完整的谱图或自定义峰谱,使用Classifiers(如支持向量机和朴素贝叶斯分类器)来鉴定未知菌株。
使用BIoNumerics 软件查找微生物质谱特征峰
MALDI TOF 谱图(汇总谱图或单个谱图)可以在比较窗口中进行分析,例如基于相似性的微生物分型分析、主成分分析(PCA)或多维尺度分析(MDS)。通过Peak Matching 可以过滤掉共有的背景噪音,并专注于一组有区别性的特征峰,从而大大提高了分析的灵敏度。Matrix Mining 工具帮助识别潜在的Biomarker,用于耐药、毒力等鉴定。