全基因组多位点序列分型(wgMLST)和全基因组单核苷酸多态性(wgSNP)

 

全基因组多位点序列分型 wgMLST 分析

 

 

传统的多位点序列分型(MLST) 通常定义七个基因座(管家基因),通过对每个基因座的序列分配等位基因编号后,基于7个等位基因编号的组合对细菌菌株进行分型。

 

随着二代测序 NGS 技术的发展,传统7个位点的多位点序列分型可以扩展到全基因组多位点序列分型(wgMLST),由于考虑了更多的基因位点,因此可以获得更高的分辨率,因此基于 NGS 的 wgMLST 分析为分析细菌基因组提供了一种快速且经济高效的方法,并且正在迅速取代 Sanger 测序。

 

BioNumerics 软件提供全流程wgMLST分析功能,可以分析来自各种测序仪或者从NCBI 等公共数据库下载的二代测序数据,对数据进行质控,自动命名等位基因,定义序列型,可以基于不同的分型方案,如MLST,eMLST,rMLST,cgMLST或自定义位点的分型方案进行聚类分析。

全基因组单核苷酸多态性 wgSNP 分析

 

 

单核苷酸多态性 (SNP) 是发生在基因组特定位置的单个核苷酸的变异,SNP 总是相对于参考序列定义,当在全基因组序列 (WGS) 进行分析时,称为全基因组单核苷酸多态性(wgSNP)分析。

 

在任何 SNP分析中,参考序列和样本序列的比对对齐都至关重要,这是有意义地比较每个位置的碱基的唯一方法,BioNumerics 中的 wgSNP 分析依赖于所有序列共线。SNP 分析可被视为对(比对)序列的后分析,其中 SNP 是与参考序列相关的在一个或多个样本序列上确定的。