BioNumerics 数据分析应用

BioNumerics 生物信息管理与分析一体化平台

 

简介:

  BioNumerics 软件是用于分子分型的一款集多种数据类型存储与分析的综合性数据分析平台,可以用于疾控,高校,食品或制药企业,医院,农业等涉及微生物分型,分子监测,病原菌鉴定及溯源的相关领域。BioNumerics 软件已经在一万多篇研究论文中被引用,全球有 100 多个国家的 4000 多个科研机构,政府及工业用户,将 BioNumerics 生物信息分析软件作为一种日常研究工具。

 

 

 

BioNumerics 软件特点:

 

   

可存储、分析不同数据类型的分子分型实验数据;

   

多种类型的实验数据整合于同一个数据库的综合性平台;

   

不同实验类型组合分析,深入挖掘数据信息;

   

可存储实验数据及菌株信息,方便溯源分析;

   

强大的数据库管理功能,对数据进行存储,查询及管理;

   

高级统计分析、比较、鉴定分析功能;

   

构建可上传,下载或其他类型数据交流的大型分子监测网络;

   

可针对特定需求,定制开发个性化脚本程序。

 

 

BioNumerics 软件分析:

 

 

 

Fingerprint Data 指纹类型数据:

   

对凝胶图谱、自动测序仪数据等指纹图谱等进行标准化处理与分析,如应用于PFGE、rep-PCR、AFLP、RFLP、RAPD、MALDI TOF、DGGE、TGGE等实验数据分析。

 

 

Character Data 特征类型数据:

   

对来源于生化、抗生素耐药谱、等位基因位点,位点重复数,微阵列等的特征数据进行导入与分析。在多位点VNTR分析(MLVA)中,提供了自动化的分析流程。

 

 

Sequence Data 序列类型数据:

   

对Sanger序列和二代测序数据进行拼接与分析,提供序列分析、搜索和比对以及比较工具,常用于多位点序列分型(MLST)等基于序列的分型中。

 

 

Trend Data 趋势类型数据:

   

处理实时荧光定量PCR数据;代谢活性和酶活性的动力学数据;微阵列实验中的时间进程数据等和趋势相关的实验数据。

 

 

 

Tree and Network Inference 聚类分析与建树:

   

提供多种相似性计算方法,多种聚类运算方法用于进化树构建。

 

 

Dimensioning and Matrix Mining 多维技术与矩阵:

   

提供多种统计分析功能,也可使用多种分类技术创建非分层分组,如主成分分析,多维度量法,判别分析,找出群体之间的鉴别特征,对数据进行深入挖掘。

 

 

Genome Analysis Tools 基因组分析工具

   

进行基因组比较、注释、SNP分析

 

 

Classifiers and Identification 分类与鉴定

   

基于大量实验数据的基础上鉴定未知物种,运用多种分类鉴定算法,如:Naive Bayesian classifier, Support Vector Machine等,对未知物种进行分类和鉴定。

 

 

主要数据分析应用:

 

1. 最新功能:

 

 

 

wgMLST 全基因组多位点序列分型

 

 

wgSNP 全基因组单核苷酸多态性分析

 

 

基质辅助激光解析电离飞行时间质谱 maldi tof/微生物质谱

 

 

2. 其他功能:

 

 

 

PFGE typing 脉冲场凝胶电泳

 

 

MLVA typing 多位点可变数目串联重复序列分型

 

 

Spa typing 金黄色葡萄球菌spa分型

 

 

Antibiotic resistance profiling 抗生物耐药谱分析

 

 

HIV drug resistance HIV 耐药分析

 

 

MIRU-VNTR typing 分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分型

 

 

Sequence-based typing 基于序列的分型

 

 

Sequence repeat typing 基于重复序列的分型

 

 

ITS typing 内部转录间隔区分型

 

 

Molecular surveillance 分子监测