BioNumerics 数据分析应用

BioNumerics 生物信息管理与分析一体化平台

 

简介:

  BioNumerics软件是用于分子分型的一款集多种数据类型存储与分析的综合性数据分析平台,用于疾控,高校,食品或制药企业,医院,农业等涉及到微生物分型,分子监测,病原菌鉴定及溯源等相关领域。全球有100多个国家的4000多个科研,政府以及工业用户,将BioNumerics软件作为一种日常研究的工具,并且在一万多篇研究论文中被引用。

 

 

BioNumerics 软件特点:

 

   

可存储、分析不同类型的分子分型实验数据;

   

多种类型的实验数据整合于同一个数据库的综合性平台;

   

不同实验类型组合分析,深入挖掘数据信息;

   

可存储实验数据及菌株信息,方便溯源分析;

   

强大的数据库管理功能,对数据进行存储,查询及管理;

   

高级统计分析、比较、鉴定分析功能;

   

构建可上传,下载或其他类型数据交流的大型分子监测网络;

   

可针对特定需求,定制开发个性化脚本程序。

 

 

BioNumerics 软件分析:

 

 

 

Fingerprint Data 指纹类型数据:

   

对凝胶图谱、自动测序仪数据等指纹图谱等进行标准化处理与分析,如应用于PFGE、rep-PCR、AFLP、RFLP、RAPD、MALDITOF、DGGE、TGGE等实验数据分析。

 

 

Character Data 特征类型数据:

   

对来源于生化、抗生素耐药谱、微阵列等的特征数据进行导入与分析。在多位点VNTR分析(MLVA)中,提供了自动化的分析流程。

 

 

Sequence Data 序列类型数据:

   

对Sanger序列和二代测序数据进行拼接与分析,提供序列分析、搜索和比对以及比较工具。该模块常用于多位点序列分型(MLST)中。

 

 

Trend Data 趋势类型数据:

   

处理实时荧光定量PCR数据;代谢活性和酶活性的动力学数据;微阵列实验中的时间进程数据等和趋势相关的实验数据。

 

 

 

Tree and Network Inference 聚类分析与建树:

   

从多种聚类运算方法中选择合适方法计算进化树和关系网。

 

 

Dimensioning and Matrix Mining 多维技术与矩阵:

   

利用多种统计分析、主成分分析、多维尺度分析。使用多种分类技术创建非分层式分组,如成分分析,多向度度量法,判别分析,并找出群体之间的鉴别特征,字符矩阵进行深入的分析。

 

 

Genome Analysis Tools 基因组分析工具

   

进行基因组比较、注释、SNP分析

 

 

Classifiers and Identification 分类与鉴定

   

基于大量实验数据的基础上鉴定未知物种,运用多种分类鉴定算法,如:Naive Bayesian classifier, Support Vector Machine等,对未知物种进行分类和鉴定。

 

 

主要数据分析应用:

 

1. 最新功能:

 

 

 

wgMLST

 

 

wgSNP

 

 

Maldi-tof MS

 

 

2. 其他功能:

 

 

 

PFGE typing

 

 

MLVA typing

 

 

AFLP-based scoring

 

 

Spa typing

 

 

Antibiotic resistance profiling

 

 

HIV drug resistance

 

 

MIRU-VNTR typing

 

 

Sequence-based typing

 

 

Sequence repeat typing

 

 

Community fingerprinting

 

 

ITS typing

 

 

Molecular surveillance